按照土地管理法的规定，耕地是不允许搞永久性建筑的，不能改变“农用地”的性质，盖房子就属于永久性建设，用原则的话来讲，是一种违建行为。
农民在耕地里建房，基本上是农村土地承包以后，农村当时预留土地不足，农民缺少宅基地，基层政府又疏于管理，导致了现在这种遍地开花的局面。
那么对这些房屋该怎么处理？各地有不同的做法，有的地方非常严厉，早已经大范围拆除，有的地方依然没有动作，这就要看当地政府是什么态度。有的地方影响比较严重，这样的地方肯定要拆除，有的地方影响不是很大，也许会改变处理方式，究竟怎么处理，就是政府的一句话，因为这件事是有法可依的，只要履行一定程序，拆除就没有商量。
农民在耕地里建房，问题岀在下面，责任却在上面，这么多年的建设，不是一天两天的事，一直都没有人来管理，村里不管，乡镇也不管，土地部门也不管，这样宽松的条件，加上农民没有宅基地，房子不够住，自己有承包地，顶多就是少种两垅，现在粮食又不值钱，建上房子总比撂荒还好说。这样一来二去，你建我也建，慢慢就成了一种自然现在象。
现在农村缺乏宅基地是个普遍现象，农村没有宅基地，农民需要住房，这确实是个矛盾。水不疏是没有办法堵住的，只有先疏通，再堵才能更有效果。
解决这个问题，首先政府就应当要拿岀规划，把农民实际需要安排好，让农民到规划区建房，这样就会有效解决占用耕地的问题。农村建设用地不是没有，就是缺少相应的规划，如果能合理规划，将那些不能居住的闲置宅基地收回，重新合理安排，相信农民的宅基地问题肯定是能够得到解决的。
现在农村宅基地管理也比较混乱，有的人口少，却占着几处宅基地；有的卖房、租房也照样审批宅基地；有的个别地方外来人口通过关系，也能在村里建房；这些不公平行为，也给在耕地里建房造成了一定影响。
在清理耕地建房过程的同时，对那些不合理占据宅基地现象，也应当给予处理，保证公平才便于管理。
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